预付工程款银行保函手续费是指在进行工程项目合作时，甲方为了确保乙方能够按时保证工程的完成质量和进度，要求乙方提供银行保函。而在申请银行保函的过程中，乙方需要支付一定的手续费。这笔手续费用来覆盖银行为开立保函所产生的成本。
预付工程款银行保函是工程项目合作中的一项重要凭证，它可以保障甲方的利益。通过向乙方收取手续费，甲方不仅能够确保乙方有足够的经济能力来完成工程，还能够在乙方出现违约行为时获得一定的赔偿。
预付工程款银行保函手续费的计算方式通常由银行根据具体情况确定。一般来说，手续费会根据保函金额的比例进行计算，同时也会考虑乙方的信用等级和历史记录。
要降低预付工程款银行保函手续费，乙方可以采取以下措施：
