工程预付款保函是指在工程合同中，承包商为了担保自身能够按照合同约定提供工程服务，并确保按照约定时限按时返还预付款项而向业主提供的保函。
保证金是在履行合同过程中，由承包商预先交付的一笔金额，用于保证工程质量、进度和结算等方面的责任。保证金通常为合同总金额的一定比例，根据合同的约定进行缴纳。
从定义上看，工程预付款保函并不属于保证金，它是一种特殊类型的保函。保证金是承包商为履行合同的义务提供的一种担保方式，而工程预付款保函则是用于确保预付款项能够按照约定时限返还的一种保函。
工程预付款保函与保证金在性质上存在一些差异。工程预付款保函的主要目的是为了保障业主的权益，确保预付款项能够按照约定时限返还。而保证金则是为了保证工程的质量、进度和结算等方面的责任，确保承包商能够履行合同，并承担相应的责任。
工程预付款保函可以看作是一种由银行出具的信用担保工具，它是在工程合同签订后，承包商在业主要求下向银行提供的一种担保，用于确保预付款项的返还。
在工程合同中，业主通常要求承包商提供工程预付款保函作为对预付款项的担保。这样一来，即使承包商无法按约定时限返还预付款项，业主也可以通过保函向银行进行索赔，确保自身的合法权益。
因此，工程预付款保函与保证金在性质和作用上存在明显的区别。工程预付款保函是为了保障业主权益而提供的，而保证金则是为了保证工程质量和承包商履行合同责任而提供的。虽然两者都与工程合同有关，但在实际操作中应当分清其性质和作用，以便确保各方权益的平衡。
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