工程保函是工程承包领域中常见的一种担保方式，其主要目的是保障业主在工程建设过程中或完工后获得合同约定的权利。工程保函通常由承包商向业主提供，但对于工程保函应由谁来保存，尚未有明确的法律规定或行业惯例，因此存在不同的操作方式。
工程保函的保存方式主要有以下两种：
在这种方式下，承包商在交付工程保函后，由承包商自行保管。承包商负责保函的妥善保管和剩余保函金额的及时补足。业主在需要保函时，由承包商提供原件或复印件。这种方式的优点在于操作方便，且承包商对保函负有保管责任，可以确保保函的真实性。
在这种方式下，承包商在交付工程保函后，由业主负责保函的保管。业主负责保函的保管和剩余保函金额的及时补足。承包商在需要保函时，由业主提供原件或复印件。这种方式的优点在于业主的控制权更强，可以确保保函的有效性。但同时也增加了业主的保管责任和补足保函金额的义务。
工程保函保存方式的选择应综合考虑以下原则：
工程保函保存方式的首要原则是保证业主的权利。业主作为保函受益人，有权获得及时有效保函的保障。因此，应选择能够保障业主权利的保存方式。
在保障业主权利的同时，也应尊重承包商的利益。承包商作为保函的出具方，有权对保函的保管拥有适当的权利。因此，应选择既能保证业主权利，又能兼顾承包商利益的保存方式。
工程保函的保管应方便快捷，避免复杂繁琐的手续。应选择操作便利、易于执行的保存方式。
不同的工程保函类型，其保存方式也有所不同：
投标保函在投标结束后由招标人保管。中标单位的中标保函由业主保管，未中标单位的投标保函由招标人退回。
履约保函通常由业主保管，由承包商提供保函正本。业主应妥善保管保函，并在保函有效期内及时补足保函金额。
预付款保函通常由业主保管，由承包商提供保函正本。业主应妥善保管保函，并及时向保函出具方支付预付款。
保修保函通常由业主保管，由承包商提供保函正本。业主应妥善保管保函，并在保修期内及时向保函出具方提出索赔。
无论哪种保存方式，均应注意以下事项：
保函出具方和保管方均应妥善保管保函，防止保函遗失或损毁。应将保函存放在安全、干燥的地方，并做好防盗措施。
承包商应及时关注保函剩余金额，并及时补足差额。承包商应与业主协商约定补足保函金额的具体时间和方式。
如果对保函的有效性或金额提出异议，应及时向保函出具方提出。承包商和业主应通过协商或法律途径解决异议。
工程保函的保存方式应根据具体的工程项目情况和需要予以选择。无论是承包商保存还是业主保存，都应以保障业主权利和尊重承包商利益为出发点，并遵循操作便利的原则。同时，保函出具方和保管方均应妥善保管保函，及时补足保函金额并妥善处理异议，以确保工程保函在工程建设中发挥应有的作用。
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