开立银行保函需要支付一定的费用，这是其中一个缺点。由于银行对于提供保函承担了一定的风险，并且需要进行相应的审核和管理，因此银行通常会收取一定的手续费用。对于一些中小企业或个人来说，这种费用可能是相对较高的，造成了一定的负担。
开立银行保函需要提交一系列的文件和资料，如合同、营业执照、资产证明等。申请过程比较繁琐，需要耗费较多的时间和精力。同时，还需要与银行进行沟通和协商，确保准备的材料符合要求，否则容易导致申请被拒绝。
银行保函在一定程度上限制了企业的流动资金使用。一旦开立保函，银行会冻结相应的资金作为担保，无法进行其他用途的运作。对于一些急需资金周转的企业来说，这可能会造成不小的困扰。此外，在保函期间，如果需要修改保函金额或解除保函，也需要与银行重新协商和确认。
银行保函通常都有一定的有效期限。一旦超过保函的有效期限，它将失去担保效力。这就意味着企业在保函到期前必须重新申请开立新的保函，否则无法继续享受保函所提供的保障。对于那些需要经常申请保函的企业来说，这无疑增加了额外的麻烦和成本。
虽然银行保函是由银行发放的，但在实际操作中仍存在一定的拒付风险。例如，保函金额虚高、索赔条件不明确或违反相关约束条件等情况，都可能导致银行拒绝支付。对于受益人来说，这可能带来重大的损失和经济问题。
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