工程保函是一种在工程承包过程中，为确保合同方完成工程项目约定的义务而提供的担保。保函中的保证金是指承保方为履行保证人责任而交纳的金额。
根据相关法律法规及合同规定，保证金的计算方式可以有多种。常见的方式有按比例计算和按金额计算。
按比例计算是基于工程项目合同金额的一定比例来确定保证金的金额。例如，合同约定保证金为合同金额的5%，则合同金额为100万的工程项目，保证金金额为5万。
按金额计算是根据合同方的约定，直接确定保证金的具体金额。通常情况下，此种方式不会受到工程项目合同金额的影响。
保证金一般在工程项目完工并经验收验收合格后，根据合同约定的退还条件和程序进行退还。
如果合同方违约，保证金可以被用于弥补损失、赔偿违约方及支付其他相关费用。因此，对工程保函保证金的交纳和管理非常重要。
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