保函费是一种保证金性质的费用，由委托人向银行或保险公司支付，以保证被担保人履行合同义务。保函费一般不计入委托人的成本费用，而是作为应付暂付款项处理。
根据《财政部国家税务总局关于印花税、增值税若干政策问题的通知》（财税〔2018〕47号）的规定，支付的保函费应代扣增值税。
纳税人支付的保函费，同时符合以下条件的，应代扣增值税：
支付的保函费代扣增值税的税率为6%。
支付的保函费代扣增值税的计算方法为：应代扣增值税额=保函费÷（1+税率）×税率。
委托人代扣的增值税应与当期应纳增值税一并申报缴纳。委托人取得的保函费代扣增值税专用发票，可作为抵扣进项税额的凭证。
委托人代扣保函费增值税的具体操作如下：
根据《财政部国家税务总局关于印花税、增值税若干政策问题的通知》（财税〔2018〕47号），委托人属于下列情形之一的，可以免予代扣保函费增值税：
委托人支付的保函费代扣增值税的政策有利于维护税收法制的统一性和公平性，确保增值税税款的足额征收，防止重复征收或漏征。
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