银行保函是一种替代保证金的金融工具，用于保证承兑人在履约过程中如实履行合同责任。然而，尽管银行保函看似方便、安全，但其使用也存在着不少坏处。
与保证金相比，银行保函需要占用一定的信用额度。这意味着企业或个人在使用银行保函时，将无法充分利用这部分资金进行其他投资或经营活动。尤其对于中小企业来说，这种限制可能会给他们带来更大的经济压力和运作困难。
使用银行保函还需支付一定的手续费用。虽然手续费对于大型公司来说可能不算什么，但对于中小企业或个体经营者来说，这些额外支出却会增加其运营成本。此外，银行保函通常需要提供抵押物或担保品，这对于资金状况较为薄弱的企业来说，也是一笔不小的负担。
有时候，由于一些不良的信用行为，银行会拒绝或取消对某些企业或个人提供保函。这可能导致合同无法履行，从而给项目或交易方带来一定的损失。特别是当银行出具的保函虚假或违规时，使用方可能遭受金融纠纷、诉讼甚至追偿等风险。
银行保函的使用往往需要与金融机构建立长期合作关系，并依靠银行的信用为自己背书。因此，当银行改变政策或拒绝提供保函时，使用者可能面临资金问题和合同风险。过度依赖银行带来的单一风险，给企业或个人带来了相当大的经营压力。
银行保函的国际认可程度较低，特别是在某些国家或地区。这意味着，在跨国项目或交易中，使用银行保函可能面临更多的审查和限制，增加了国际贸易的复杂性和不确定性。
尽管银行保函在一定程度上提供了确保合同履行的信用担保，但其使用仍然存在种种坏处。限制资金运用、增加财务成本、劣质保函风险、过度依赖银行以及缺乏国际认可等问题，使得企业或个人在使用银行保函时需要谨慎权衡利弊。为了降低风险，建议使用者在选择担保方式时，综合考虑自身实际情况，寻找合适的替代方案。
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